AFP jeb alfa-fetoproteīna klīniskā nozīme ir atkarīga no konteksta, kurā tas tiek mērīts. Šeit ir dažas no galvenajām AFP klīniskajām nozīmēm:
1. Seruma AFP satura noteikšana bērniem: paaugstināts AFP saturs aknu vēža, hepatoblastomas, dzimumdziedzeru oblastomas, hepatīta u.c.
2. Seruma AFP satura noteikšana pieaugušajiem: AFP saturs ir palielināts 60–70 procentiem pacientu ar primāru aknu vēzi, kā arī pacientiem ar sēklinieku vēzi, olnīcu audzēju, ļaundabīgu teratomu, aizkuņģa dziedzera vēzi, kuņģa vēzi, zarnu vēzi un plaušu vēzis.
3. Pacientiem ar labdabīgām aknu slimībām, piemēram, akūtu un hronisku hepatītu un cirozi, AFP līmenis serumā palielinājās dažādās pakāpēs, bet lielākā daļa no tiem bija zemāki par 1000 ug/L, kas bija saistīts ar aknu šūnu nekrozes un reģenerācijas pakāpi.
4. AFP palielināšanās labdabīgu aknu slimību gadījumā ir pārejoša un ilgst 2-3 nedēļas. Ļaundabīgi audzēji ir pastāvīgi paaugstināti. Tāpēc dinamiska seruma AFP satura novērošana var ne tikai atšķirt labdabīgu aknu slimību no ļaundabīgas aknu slimības, bet arī diagnosticēt aknu vēzi agrīnā stadijā.
5. Fizioloģiskos apstākļos alfa-fetoproteīnu izdala jaundzimušo naivi hepatocīti, savukārt augļa hepatocīti nav pilnībā attīstīti (diferencēti). Liels ir izdalītā alfa-fetoproteīna daudzums, kas ar nabassaites asinīm var iekļūt mātes asinīs, tāpēc grūtniecēm grūtniecības laikā būs pozitīvs alfa-fetoproteīns.
